อัตราอากรภาย ใต้ ATIGA และ WTO ต่างกันคือ อัตราอากรภายใต้ ATIGA เป็นอัตราอากรที่กำหนดให้ลดหรือยกเว้นอัตราอากรสำหรับของนำเข้าที่มีแหล่ง กำเนิดจากประเทศที่เป็นภาคีอาเซียน ส่วนอัตราอากรภายใต้ WTO เป็นอัตราอากรที่กำหนดให้ลดหรือยกเว้นอัตราอากรสำหรับของนำเข้าที่มีแหล่ง กำเนิดจากประเทศที่เป็นภาคีขององค์การการค้าโลก การจะเลือกใช้อัตราใดก็ขึ้นอยู่กับว่าประเทศแหล่งกำเนิดสินค้าเป็นภาคีความ ตกลงฉบับใด หากเป็นภาคีความตกลงของทั้งสองฉบับก็มีสิทธิเลือกใช้อัตราใดก็ได้ เว้นแต่สินค้าเกษตร ต้องดำเนินการตามระเบียบของกรมการค้าต่างประเทศ   สำหรับเอกสารและขั้นตอนในการนำเข้าสามารถศึกษาได้จากที่เว็บไซต์กรมฯ หัวข้อ กฎว่าด้วยถิ่นกำเนิด และการตรวจสอบอัตราอากรภายใต้ ATIGA และ WTO ก็สามารถตรวจสอบได้จากเว็บไซต์กรมฯหัวข้อ  บริการอิเล็กทรอนิกส์ -> ค้นหาพิกัดอัตราศุลกากร