กิจการภาษี หรือการศุลกากร มีมาตั้งแต่ก่อนสมัยสุโขทัยจากหลักฐานศิลาจารึกของพ่อขุนรามคำแหง เรียกว่า "จกอบ" ในสมัยสุโขทัยมีการค้าขายเป็นปัจจัยในการสร้างความมั่งคั่งของรัฐ การเก็บภาษีนี้ในช่วงระยะเวลาหนึ่งกรุงสุโขทัยได้มีประกาศยกเว้นแก่ผู้มาค้าขาย ดังหลักฐานที่ปรากฏในศิลาจารึกว่า "เมืองสุโขทัยนี้ดี ในน้ำมีปลา ในนามีข้าว เจ้าเมืองบ่เอาจังกอบในไพร่ลู่ทาง เพื่อนจูงวัวไปค้า ขี่ม้าไปขาย ใครจักใคร่ค้าช้างค้า ใครจักใคร่ค้าม้าค้า ใครจักใคร่ค้าเงินค้าทองค้า ไพร่ฟ้าหน้าใส" ต่อมาในสมัยกรุงศรีอยุธยา มีหน่วยงานที่ทำหน้าที่ด้านตรวจเก็บภาษีขาเข้าขาออกเฉพาะ เรียกว่า “พระคลังสินค้า” มีสถานที่สำหรับการภาษี เรียกว่า “ขนอน” เก็บภาษีจากระวางบรรทุกสินค้าและจากสินค้า ในสมัยกรุงธนบุรีบ้านเมืองอยู่ในยุคสงครามการค้าขายระหว่างประเทศไม่ปรากฏหลักฐานในทางประวัติศาสตร์

เมื่อเข้าสู่ยุครัตนโกสินทร์ ในรัชสมัยสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัวมีการประมูลผูกขาดการเรียกเก็บภาษีอากร เรียกว่า "ระบบเจ้าภาษีนายอากร" ส่วนสถานที่เก็บภาษี เรียกว่า "โรงภาษี" ต่อมาในสมัยพระบาทสมเด็จ พระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว การติดต่อค้าขายกับต่างประเทศมากขึ้น พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวได้ทำสนธิสัญญาเบาว์ริงกับประเทศอังกฤษให้ยกเลิกการเก็บค่าธรรมเนียมปากเรือ เปลี่ยนมาเป็นเก็บภาษีสินค้าขาเข้าโดย เรียกเก็บในอัตรา 100 ชัก 3 ทำให้ต้องขาดรายได้จากภาษีศุลกากรไปเป็นจำนวนมาก ด้วยข้อจำกัดเรื่อง การเก็บภาษีขาเข้าขาออก

ต่อมาในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงเห็นปัญหาระบบการเก็บระบบเดิมจึงมี พระราชประสงค์ให้จัดตั้งหอรัษฎากรพิพัฒน์ และโปรดให้ตราพระราชบัญญัติหอรัษฎากรพิพัฒน์ จ.ศ. 1235 (พ.ศ. 2416) เพื่อรวบรวมเงินรายได้จากการจัดเก็บภาษีขาเข้าและขาออกเป็นรายได้ของรัฐ และวางระเบียบ การรับส่งและการเบิกจ่ายเงิน ที่เคยกระจายอยู่ในความรับผิดชอบของหน่วยงานต่าง ๆ ให้รวมอยู่ที่เดียวกัน ในความควบคุมดูแลของ หอรัษฎากรพิพัฒน์ เมื่อเดือนกรกฎาคม 2417 ได้ประกาศใช้ตราพระราชบัญญัติสำหรับ หอรัษฎากรพิพัฒน์ ดังนั้น จึงถือว่าวันที่ 4 กรกฎาคมของทุกปี เป็นวันคล้ายวันสถาปนากรมศุลกากร สืบต่อกันตลอดมา

เมื่อปี พ.ศ. 2433 พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ตราพระราชบัญญัติยกฐานะกรมพระคลังมหาสมบัติขึ้นเป็น กระทรวงพระคลังมหาสมบัติ โดยกำหนดหน้าที่ ให้มีหน้าที่จ่ายและรักษาเงินแผ่นดิน เก็บและรับผิดชอบเงินภาษีอากรและเงินขึ้นต่อแผ่นดินทั่วราชอาณาจักร รวมทั้งราชพัสดุทั้งปวง ตลอดจนรักษาพระราชทรัพย์ของแผ่นดินทั้งหมด มีหน่วยงานแบ่งออกเป็น 13 กรม ประกอบ กรมศุลกากรซึ่งเป็นหน่วยงานหนึ่งในแผนกกรมเจ้าจำนวน เก็บเงินภาษีอากร มีหน้าที่เก็บเงินภาษีอากรขาเข้าขาออก เก็บจากผู้บรรทุกสินค้าออกไปต่างประเทศและเก็บที่บรรทุกเข้ามาขายในประเทศ ซึ่งที่ทำการกรมศุลกากรในช่วงนั้น เรียกกันว่า “โรงภาษี” ปากคลองผดุงกรุงเกษม ต่อมาได้ย้ายไปยังที่ทำการกรมศุลกากรในที่ดินของพระยาอาทรบุรีรักษ์ เรียกว่า “ที่ทำการภาษีร้อยชักสามและที่บัญชาการภาษีขาเข้าขาออก” และได้สร้างอาคารที่ทำการใหม่เรียกว่า “ศุลกสถาน” อาคารศุลกสถานเป็นที่ทำการ ของกรมศุลกากรตั้งแต่สร้างเสร็จจนถึง พ.ศ. 2497 จึงย้ายที่ทำการไปอยู่ที่คลองเตย

กรมศุลกากร อยู่ในสังกัดกระทรวงการคลัง และมีหน่วยงานภายในสังกัดกรมศุลกากร 26 หน่วยงาน รวมด่านศุลกากร จำนวน 46 ด่าน โดยมีภารกิจเกี่ยวกับการจัดเก็บภาษีอากรจากการนำสินค้าเข้า และส่งสินค้าออก และการปราบปรามการกระทำความผิด ตามกฎหมายว่าด้วยศุลกากร กฎหมายว่าด้วยพิกัดอัตราศุลกากร และกฎหมายอื่นที่เกี่ยวข้อง รวมทั้งการเสนอนโยบายในการจัดเก็บอากร การส่งเสริม สนับสนุนการผลิตและการส่งออก การปกป้องผลประโยชน์ของประเทศและประชาชน

นอกจากนี้ ยังมีกลุ่มที่ปรึกษาการศุลกากรในต่างประเทศ ซึ่งเป็นหน่วยงานด้านวิชาการ เพื่อสนับสนุนการปฏิบัติงานทำหน้าที่เป็นผู้แทนของประเทศไทย ในการประชุมเจรจา การแก้ไขปัญหา ข้อขัดแย้ง หรือขอความร่วมมือทางวิชาการ รวมทั้งประสานงานกับหน่วยงานศุลกากรต่างประเทศ องค์การศุลกากรโลกและองค์กรระหว่างประเทศต่าง ๆ ได้แก่ สำนักงานที่ปรึกษาการศุลกากรประจำสถานเอกอัครราชทูต ณ กรุงบรัสเซลส์ สำนักงานศุลกากรประจำสถานกงสุลใหญ่ ณ เมืองฮ่องกง และงานที่ปรึกษาการศุลกากรประจำสถานกงสุลใหญ่ ณ นครกวางโจว

ปัจจุบันกรมศุลกากร ได้พัฒนาบทบาทและหน้าที่จากเดิมซึ่งมุ่งเน้นการจัดเก็บภาษีอากรการนำสินค้าเข้าและส่งสินค้าออก เป็นการมุ่งเน้นพัฒนาส่งเสริมการค้าระหว่างประเทศ การอำนวยความสะดวกทางการค้า และการปกป้องสังคม โดยมีการพัฒนาองค์กรอย่างต่อเนื่อง ทั้งด้านการพัฒนาระบบงาน การนำเทคโนโลยี ที่ทันสมัยมาปรับใช้ตลอดจนพัฒนาประสิทธิภาพของ ข้าราชการให้มีความสอดคล้องกับการเปลี่ยนแปลงของสังคมโลกในปัจจุบันอีกด้วย