วัตถุดิบที่นำเข้าโดยใช้สิทธิ BOI แต่มีคุณภาพไม่ได้มาตรฐาน ไม่สามารถนำไปใช้ตามวัตถุประสงค์เดิมได้ สภาพของวัตถุดิบยังอยู่ในสภาพวัตถุดิบขณะนำเข้า การจะดำเนินการใด ๆ ต้องได้รับอนุญาตจาก BOI เช่น จะขอทำลายวัตถุดิบนั้น หาก BOI อนุญาตก็สามารถดำเนินการได้ วิธีการคือ บริษัทยื่นขออนุมัติทำลายตามวิธีที่เหมาะสมจาก BOI  หากทำลายหมดจะไม่มีภาระภาษี แต่หากมีเศษซากหลังการทำลายที่มีมูลค่าเชิงพาณิชย์ และบริษัทประสงค์จะขอจำหน่ายหรือโอนเศษซากดังกล่าวภายในประเทศ จะต้องขอให้ BOI มีหนังสือแจ้งไปยังกรมศุลกากรให้เรียกเก็บค่าภาษีอากรสำหรับเศษซาก โดยเจ้าหน้าที่ศุลกากรจะทำการตรวจสอบสภาพของเศษซาก ประเมินราคาและคำนวณค่าภาษีอากรตามผลการตรวจสอบ ซึ่งใช้พิกัดอัตราศุลกากรตามสภาพของเศษซาก โดยไม่เรียกเก็บเงินเพิ่มและเบี้ยปรับ แล้วมีหนังสือแจ้งให้บริษัท
ไปชำระค่าภาษีอากรให้ครบถ้วน โดยบริษัทจัดทำใบขนสินค้าขาเข้าโอนย้ายชำระภาษี (P) เพื่อชำระอากรให้เสร็จสิ้นก่อนการจำหน่าย อนึ่ง หลังจากการทำลายบริษัทต้องจัดส่งหลักฐานการดำเนินการต่าง ๆ ให้กับ BOI เพื่อขอตัดบัญชีวัตถุดิบด้วย

การจะนำเข้าไปทำลายในเขตประกอบการเสรี ไม่สามารถทำได้เนื่องจากเขตประกอบการเสรีไม่มีวัตถุประสงค์เป็นสถานที่รับทำลายของ

หากประสงค์จะส่งไปยังประเทศที่ 3 บริษัทจะต้องยื่นขออนุญาตจาก BOI ก่อนการส่งออก ซึ่งสามารถทำได้โดยการปฏิบัติพิธีการศุลกากรส่งออกตามปกติ แล้วนำใบขนสินค้าขาออกไปตัดบัญชีวัตถุดิบกับ BOI