ผู้ได้รับใบอนุญาตจัดตั้งเขตปลอดอากร (ผู้จัดตั้ง) และผู้ได้รับใบอนุญาตประกอบกิจการในเขตปลอดอากร (ผู้ประกอบกิจการ) มีหน้าที่ตามกฎหมายในการชำระค่าธรรมเนียมรายปีทุกปี โดยไม่ต้องรอให้มีหนังสือแจ้งจากกรมศุลกากร ซึ่งค่าธรรมเนียมรายปีของผู้จัดตั้ง คือ 300,000 บาท/ปี ผู้ประกอบกิจการ 15,000/ปี โดยค่าธรรมเนียมกำหนดไว้เป็นรายปีปฏิทิน  และกำหนดให้ผู้ประกอบกิจการต้องชำระค่าธรรมเนียมสำหรับปีถัดไปให้เสร็จสิ้นภายในวันที่ 31 ธันวาคม  เช่น ค่าธรรมเนียมปี 2562 ต้องชำระภายในวันที่ 31 ธันวาคม 2561  หากชำระล่าช้าจะมีดอกเบี้ยในอัตราร้อยละ 7.5 ต่อปี  และ ถือเป็นการต่ออายุสัญญาประกันและทัณฑ์บนด้วย