ในการส่งข้อมูลใบขนสินค้าขาเข้า และ ใบขนสินค้าขาออก  กำหนดให้ผู้นำเข้า ผู้ส่งออกชำระค่าธรรมเนียมพิธีการศุลกากร ฉบับละ 200 บาท  หากการส่งข้อมูลเป็นการขอรับบริการจากเจ้าหน้าที่ศุลกากรจะต้องชำระค่าธรรมเนียมการบันทึกข้อมูล ฉบับละ 100 บาท   หากใช้บริการของเคาน์เตอร์บริการ ค่าบริการขึ้นอยู่กับผู้ให้บริการแต่ละผู้ประกอบการ      สำหรับอากรขาเข้าคำนวณตามพิกัดของสินค้าและภาษีมูลค่าเพิ่ม